Im Schwerpunkt Umwelt werden eine Reihe von wissenschaftlichen Themen wie Rekultivierung und strukturelle Umgestaltung erforscht, die im Zusammenhang mit der Tagebauregion Lausitz stehen. Dabei geht es um die Untersuchung des Wasserhaushalts und der Stoffhaushalte sowie um die ökologische Sanierung und Entwicklung zerstörter und deindustrialisierter Landschaften. Das Forschungszentrum Landschaftsentwicklung und Bergbaulandschaften (FZLB) etwa befasst sich mit der Ökosystemforschung, den Anpassungen an den Klimawandel sowie mit Landnutzungsoptionen für die Biomasseproduktion. Im Zentrum seiner Aktivitäten steht der 2007 angelaufene DFG-Sonderforschungsbereich/Transregio 38. Dieser erforscht Strukturen und Prozesse der initialen Ökosystementwicklung in einem künstlichen Wassereinzugsgebiet. Weitere Kernthemen innerhalb des Schwerpunktes Umwelt schließen Fragen des Klimawandels, der Biodiversitäts- und Naturschutzforschung sowie der Humanökologie ein.